SMK Yapis Biak Papua membuka 4 Program Keahlian, antara lain :
- Program Keahlian Otomatisasi dan Tata Kelola Perkantoran
- Program Keahlian Akuntansi dan Keuangan Lembaga
- Program Keahlian Bisnis Daring dan Pemasaran
- Program Keahlian Teknologi Informasi - Teknik Komputer dan Jaringan
- Program Keahlian Multimedia
Ssemua Program Keahlian menggunakan Kurikulum SMK Edisi 2013 dengan sistem pembelajaran Competency Based Training (CBT), Production Based Training (PBT) dengan sistem penilaian Competency Based Assessment (CBA)
KURIKULUM DAN PROGRAM PEMBELAJARAN
Kurikulum SMK Yapis Biak pada tahun pelajaran 2005/2006 menggunakan kurikulum edisi 1999 dan kurikulum 2004, dimana untuk peserta diklat pada Tingkat III masih menggunakan kurikulum edisi 1999 dan peserta diklat tingkat I dan II menggunakan kurikulum SMK Edisi 2004 . Pada prinsipnya kurikulum edisi 1999 dan 2004 adalah kurikulum berbasis kompetensi, luas dan mendasar serta berbasis produksi.
Tantangan kebutuhan dunia kerja telah mendorong terjadinya lompatan paradigma tentang pendidikan kejuruan, pada kurikulum edisi 1999 berorientasi (1) dari supply driven ke demand driven (2) dari academic oriented ke job oriented dan (3) dari school based program ke dual based program.
Sedangkan kurikulum 2004 mengacu kepada standar kompetensi nasional (SKN), berorientasi kepada market driven dan life skill sehingga memungkinkan terjadinya multikurikulum, multy entry -multy exit serta pelaksanaan praktik kerja industri berlangsung minimal 6 dan maksimal 1 tahun.
Program pembelajarn SMK Yapis Biak bersangsung selama 3 tahun dengan menggunakan sistem block moon, yaitu selama 3 bulan belajar program normative dan adaptif dan 3 bulan berikut belajar produktif pada setiap semester dari mulai tingkat I dan tingkat II.Seluruh program diklat mengunakan sistem kurikulum berbasis kompetensi baik program diklat normatif, adaptif, dan peroduktif.
Pada tingkat III peserta diklat diwajibkan mengikuti praktik kerja industri selama 1 tahun. Materi pembelajaran diarahkan berorientasi skill competency, life skill dan berbasis lingkungan hidup, diarahkan pula berbasis produksi yang sesuai dengan standar industri.Pelaksanaan praktik kerja industri dalam program pendidikan system ganda atau praktek kerja industri (prakerin) di Dunia Usaha dan Industri (DU/DI) di sekitar Kabupaten, bila memungkinkan, akan dilaksanakan di luar Papua (Jawa, Makasar dan tempat lainnya) agar siswa peserta diklat memperoleh pengetahuan, sikap mental, dan ketrampilan sesuai dengan tuntutan DU/DI.